NEURAL10 GENOMICS

El surgimiento de la secuenciación de nueva generación (Next-generation sequencing, NGS) ha marcado un antes y un después en el avance de la investigación científica en materia de Biología y ciencias de la Salud, así como en algunos procesos de diagnóstico y tamizaje clínico. Mas recientemente, las tecnologías de secuenciación en células individuales (single cell sequencing), que representan una aplicación de las técnicas de NGS, han permitido acceder a estudiar los procesos biológicos con un nivel de detalles sin precedentes. Por medio de estas técnicas, es posible obtener una gran cantidad de información relativa a diversos procesos celulares, típicamente la transcripción y expresión génica, que son considerados “big data”.



Para poder adquirir un sentido biológico, este tipo de datos requieren de un intenso proceso de filtrado, análisis e interpretación; lo que ha dado paso a la creación de una nueva rama de la ciencia denominada bioinformática. La bioinformática es una ciencia interdisciplinaria que combina distintos métodos matemáticos, estadísticos, y computacionales para el análisis de datos biológicos complejos. En otras palabras, la bioinformática es el punto de encuentro de la programación y las matemáticas con la biología para darle un sentido biológico a datos provenientes de experimentos, y así poner a prueba teorías e hipótesis.
Hoy por hoy, la bioinformática se ha convertido en una herramienta esencial para el procesamiento y análisis de datos procedentes de NGS, tanto en el contexto de investigación, como en el contexto clínico aplicado. Dichos análisis suelen ser guiados e interpretados por personal experto en las ciencias biológicas de estudio, permitiendo así importantes avances científicos en estos ámbitos.
En los últimos años, esta rama de la ciencia ha avanzado a grandes pasos, donde diversos métodos que anteriormente eran específicos de sistemas computacionales, han sido adaptados y/o implementados para analizar grandes cantidades de datos biológicos con gran variedad de objetivos. Sin embargo, la bioinformática no es una ciencia fácil de aprender, y si no es implementada correctamente, puede llevar a conclusiones erróneas afectando los resultados finales del experimento. Además, la gran cantidad de herramientas disponibles (actualmente hay más de 1,000 herramientas públicas de bioinformática (TODO: cita lazzapi website) codificadas en diversas plataformas computacionales) y la complejidad y especificidad de los análisis dificultan e incluso imposibilitan la implementación de este tipo de análisis en laboratorios de investigación.

El equipo interdisciplinario de científicos de Neural10 presenta una solución a este problema ofreciendo los siguientes servicios:

  • Capacitación personalizada. Ofrecemos capacitaciones al personal de laboratorio adaptadas a las necesidades de su proyecto de investigación/clínico a fin de que el aprendizaje se lo mas claro y útil posible en base a los objetivos de cada grupo de investigación. Debido a que somos un grupo interdisciplinario de investigadores, podemos entender sus necesidades desde distintos puntos de vistas y así estructurar un programa de capacitación acorde con el nivel de experiencia y perfil de formación de su personal de laboratorio.


  • Análisis de datos. Uno de los factores más importantes en investigación es el tiempo de obtención de resultados. Como grupo de expertos en bioinformática ofrecemos el servicio personalizado y eficaz de análisis de datos. Con esto, su equipo de trabajo se puede centrar en otras actividades en su rama de experiencia mientras nosotros tratamos y analizamos sus datos con el objetivo de obtener resultados de calidad en el menor tiempo posible, que puedan ser publicados directamente, validarse experimentalmente, o implicar la nueva generación de hipótesis y posiblemente la redirección de la investigación misma.

LISTA DE SERVICIOS OFRECIDOS

RNA

Single Cell



Básico



  • Mapeo de datos de secuenciación a un genoma de referencia y cuantificación de la expresión genética.
  • Control de calidad de muestras y genes.
  • Normalización y preprocesamiento de datos.
  • Agrupamiento y reducción de dimensionalidad de los datos.
  • Identificación de poblaciones con marcadores en nivel básico.
  • Análisis de “pathways” y “gene ontologies” (GO) por población.
  • Integración de muestras y análisis de diferencias genéticas por grupos en nivel básico.


Avanzado



  • Demultiplexado de muestras procesadas con “hashtag antibodies”.
  • Análisis e identificación de subpoblaciones con marcadores en niveles avanzados.
  • Análisis de “pathways” y GO por subpoblaciones.
  • Pseudo-tiempo y linajes de diferenciación.
  • Análisis de velocidad RNA (si aplica).
  • Análisis integrado de expresión génica y otras variables (ej. Repertorio o “VDJ sequencing”) en las mismas células.

Bulk



Básico



  • Mapeo de datos de secuenciación a un genoma de referencia y cuantificación de la expresión genética.
  • Control de calidad de muestras y genes.
  • Normalización y preprocesamiento de datos.
  • Comparación entre grupos.
  • Identificación variables por grupos


Avanzado



  • Mapeo de datos de secuenciación a un genoma de referencia y cuantificación de la expresión genética.
  • Análisis de “pathways” y GO por población.

DNA

ChiP-seq

ATAQ-seq



Todos nuestros servicios incluyen el entregable del código de los análisis realizados, hasta 5 figuras en alta calidad para incluirse en sus resultados principales, y hasta 8 figuras suplementarias. El tiempo de entrega de resultados de nuestros servicios básicos es aproximadamente de 30 días hábiles. Durante este tiempo, se llevarán a cabo cuatro reuniones con el equipo de investigación de Neural10 Genomics de la siguiente forma:



  1. Inicio del proyecto. Esta reunión, celebrada al inicio del proyecto, tiene el objetivo de discutir el origen de los datos para plantear una lista de objetivos preliminares.


  2. Resultados preliminares. El equipo de Neural10 se compromete a tener los resultados preliminares dentro de 7 días hábiles. Dichos resultados se harán llegar a su grupo de investigación para que los analicen y discutan en preparación para una segunda reunión con el grupo de investigación de Neural10, generalmente llevada a los 10 días de inicio del proyecto. En dicha reunión, se evaluarán los resultados en base a los objetivos preliminares para decidir si el curso de investigación es válido, o en caso de ser necesario, replantear los objetivos del análisis.


  3. Resultados intermedios. Después de la validación de los resultados preliminares, el equipo de Neural10 trabajara en afinar los resultados preliminares, o bien en la obtención de resultados en base a los nuevos objetivos de investigación. Aproximadamente a los 20 días hábiles de inicio del proyecto, se llevará a cabo una tercera reunión para presentar los resultados intermedios del proyecto. Dichos resultados son un preliminar de los resultados finales, donde se evaluarán los resultados obtenidos para el diseño de las figuras finales del proyecto.


  4. Resultados finales. En la cuarta reunión, llevada a cabo en aproximadamente 30 días hábiles desde el inicio del proyecto, se hará entrega de las figuras finales del proyecto y los análisis realizados